Você pode usar um FUSE criptografado - o único problema é que você precisa remontar o sistema de arquivos quando o sistema for reinicializado. No entanto, tenha em mente que qualquer pessoa com acesso à imagem VPS pode potencialmente adicionar um bug ao seu código para detectar a frase secreta que você usa.
Is it possible to secure running processes in memory ?
Não tenho certeza do que você quer dizer aqui. É possível modificar qualquer processo em execução com acesso root e também o kernel.