Bem, o problema está aqui: como os módulos pam pam_ldap.so e pam_unix.so estão empilhados. pam_unix.so lida com nis e arquivos locais.
passa o argumento debug ao pam_unix.so passar o argumento "debug 4" para pam_ldap.so
Anexe esses argumentos a cada linha que tenha esses módulos no arquivo system-auth.