No cliente do Windows, nas configurações da NIC, na guia TCP, Avançado, DNS; Há uma opção para pesquisar vários domínios. Por padrão, ele é configurado para usar apenas o sufixo de conexão principal (domínio); mas você pode mudá-lo para usar uma lista que você definir (certifique-se de incluir todos os domínios que você quer pesquisar).
O Windows Server não tem como marcar registros para que apenas determinados clientes possam fazer uma pesquisa. Você pode impedir que certos clientes acessem o servidor DNS todos juntos, mas não mais do que isso.
No DNS, você pode criar registros de nomes canônicos para apontar para o nome real do servidor que você deseja acessar. Não é muito comum usar esse tipo de técnica em uma rede interna, mas é algo comum em implantações voltadas para a Internet.