Se você está realmente preso usando uma caixa Linux como destino, execute serviços para UNIX na caixa 2003 e exporte o sistema de arquivos para a caixa Ubuntu (NFS). Se você precisar copiar os arquivos para outro sistema de arquivos, terá que escrever um script para movê-los. O mais rápido possível seria simplesmente montar o sistema de arquivos do Windows no local apropriado no sistema Ubuntu e não copiá-los.
Descobri que o suporte a NFS do Windows é mais estável que o suporte a cifs do Linux.