Coisa semelhante aconteceu comigo após a atualização para 13.10. Eu descobri que esse bug descreve isso: link
Eu tenho isso resolvido agora, não tenho certeza se, instalando atualizações do sistema, alterando todos os atributos relacionados no dconf-editor para o nó
% bl0ck_qu0te%ou apenas reiniciando a unidade (Alt + F2 - > "unity --replace"), como comentador no bug acima mencionado, disse que pode ajudar.
Então, talvez tente brincar um pouco com as configurações e, em seguida, tentar reiniciar a unidade também não seria uma má ideia.