A melhor prática está relacionada às necessidades.
por exemplo, se eu quiser manter meus dados de usuário e eu considero esses dados são muito valiosos, então eu vou fazer a minha casa na partição diferente.
aqui no seu caso, já que você tem apenas uma partição vazia a ser designada, então você tem que fazer uma escolha.
O que é mais importante para você, os dados dos usuários ou os dados dos serviços (mysql-nginx -...), então faça sua casa na terceira partição ou atribua-a para / var de acordo com sua definição de quanto esses dados é valioso.
Para mim, prefiro atribuir / var.
Então, em palavras simples, ninguém pode responder a você o que é o melhor em geral, você tem que escolher o que é mais valioso para você salvar.