Infelizmente, a menos que um script PHP seja usado para lidar com todos esses URLs, você precisa criar um novo script PHP para cada URL.
Você pode escrever algum script para automatizar o processo, no entanto.
Por exemplo, se é um servidor Linux e você é capaz de executar scripts de shell, algo assim poderia funcionar (executar na pasta htdocs , ou igual):
#!/bin/bash
# Add folders here
FOLDERS=stuff more more/stuff
for folder in $FOLDERS; do
{
echo '<?php'
echo 'header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");'
echo "header(\"Location: http://www.example-too.org/pets/$folder\");"
} > dept/$folder/index.php
done
Se você não conseguir executar scripts shell, poderá traduzir o script para o PHP.