Você deve ter backups do seu repositório de qualquer maneira. Mas se não, eu faria um antes de você atualizar.
No entanto, de acordo com as 1.6 notas da versão
There is no need to dump and reload your repositories. Subversion 1.6 can read repositories created by earlier versions. To upgrade an existing installation, just install the newest libraries and binaries on top of the older ones.