Três coisas se destacam:
to a custom written JDBC server
e
Symantec Endpoint Protection
e
Client/Server system, both running on the same machine
Pergunta 1: Como o servidor está escolhendo as portas? Pode ser que o cliente e o servidor (que estão na mesma máquina) sejam sincronizados em intervalos irregulares e escolham a mesma porta?
Pergunta 2: Já tentou desligar o SEP? Se não desligá-lo e ver o que acontece. Você precisa eliminar a possibilidade de estar interferindo.
Pergunta 3: O que netstat
diz durante o tempo dos erros?