Você poderia usar a pesquisa beagle em cada máquina cliente e apontá-los para a instância beagle em execução no servidor de arquivos, isso permitirá um índice centralizado, mas o cliente poderá ver o que o processo beagle tem acesso no servidor de arquivos . O que provavelmente não é bom.
O que eu faço é montar cada compartilhamento nas máquinas clientes usando cifs com minhas credenciais smb para que os compartilhamentos pareçam estar sob / mnt / compartilhamentos / Documentos por exemplo.
Isso me impede de acessar arquivos que não são meus, então eu uso o rastreador na minha máquina para indexar os compartilhamentos localmente.
Como você diz que a base de usuários é bastante estática, sugiro montar os compartilhamentos em cada cliente e configurar um serviço de indexação local (Google Desktop / beagle / tracker) adequado para você.