Acho que o primeiro passo é verificar se seus clientes estão de fato alternando entre os 2 APs. Provavelmente, você pode verificar isso consultando o BSSID para sua conexão antes de descartar e ver qual BSSID você recebe quando se reconecta. Se esse é definitivamente o problema, então você precisa diminuir o tamanho da célula de cada AP diminuindo a potência de saída. Se você puder diminuir o tamanho de cada célula, cada cliente obterá mais largura de banda do ponto de acesso ao qual está conectado.
Você deve se certificar de que os APs também estejam em canais diferentes. Se os APs estiverem no mesmo canal, você verá alguma interferência de canal degradando seu desempenho. O único outro problema que posso pensar aqui é que você pode ter problemas de nó ocultos. Ativar o RTS / CTS resolverá esse problema (talvez seja necessário diminuir seu limite se você não puder ativar manualmente o RTS / CTS).