Concordo com MattB que provavelmente não é devido à configuração local de logon.
Como um lado, se você definir o usuário anônimo para usar a identidade do pool de aplicativos, só precisará manter um usuário. Essa é a minha configuração preferida. Observe que você deve mapear um site para um pool de aplicativos ou todos os sites no pool de aplicativos precisam confiar um no outro. Se esse não for o caso, mantenha-o com os padrões.