Tente isto:
rpm -qa | egrep '(http|php)'
Se você não vir os pacotes listados nessa saída, geralmente pode ter certeza de que esses serviços não foram instalados usando o RPM (yum usa pacotes RPM).
A boa notícia é que você provavelmente pode instalar as versões RPM desses utilitários usando o RPM, e eles não entrarão em conflito com suas versões atualmente instaladas, já que eles serão instalados em diretórios diferentes do aqueles que você listou (pelo menos no CentOS) - apenas certifique-se de fazer backup de seus importantes arquivos de configuração e do script de inicialização. Você poderia editar os arquivos de configuração lado a lado, para ter certeza de que a nova versão está configurada como a versão antiga.
A má notícia é que as versões RPM em estoque do apache e do PHP podem não suportar o conjunto completo de recursos do software compilado manualmente. Certos recursos, como o XSLT, não fazem parte da maioria das compilações do RPM do Apache. Além disso, as versões do estoque RPM podem ser mais antigas do que você está usando atualmente. O CentOS, por exemplo, só vem com o Apache 2.2.3 e o PHP 5.1.6.