O NTBackup não é muito chamativo, mas funciona bem. Certamente, se você quer mais / melhores recursos, então pode-se mudar para um programa de gerenciamento de backup mais rico em recursos.
Parece que você não fez muita investigação sobre os problemas que você está tendo. Eu sugiro strongmente que você identifique a causa raiz dessas discrepâncias de tamanho selvagem, pois é provável que você tenha os mesmos problemas com qualquer programa de backup que você escolher. Você poderia ter arquivos em uso como resultado de arquivos de bloqueio de aplicativos do lado do servidor, etc.
Se o seu "backup" é apenas um par de unidades de disco rígido, eu diria que você provavelmente não está levando o backup a sério. Você deveria estar pensando sobre qual seria o custo para a empresa quando perdesse semanas, meses ou todos os dados e gastasse de acordo com isso.