A primeira coisa é verificar onde o problema está. Pela sua descrição, não parece imediatamente que é o disco.
Minha suspeita é de que mysqlhotcopy
está bloqueando. mysqlhotcopy
tem que bloquear as tabelas, por um lado, por isso, se algo está em conflito com isso ... Você pode testá-lo facilmente, apenas assine e tente fazer um FLUSH TABLES
e um LOCK TABLES
no banco de dados relevante.