Não há uma maneira fácil de definir o padrão do navegador para todos os usuários em um computador. O procedimento é um pouco diferente para o Windows XP e Vista e acima, portanto, você precisaria especificar suas perguntas com o sistema operacional, mas talvez o seguinte seja o suficiente para você:
Para o firefox, você pode simplesmente executar "firefox.exe -silent -setDefaultBrowser" na linha de comando de cada usuário. Para o Thunderbird não existe um comando simples como esse, mas você pode tentar os utilitários sugeridos em (1), que fazem o trabalho para você, mas novamente em uma base por usuário. Isso ajuda você?
As configurações do registro que você precisaria mudar são todas em HKEY_CLASSES_ROOT e você pode encontrar um resumo em (1) - mas eu recomendaria contra um script alterando essas entradas (HTTP e HTML etc.) manualmente porque a função interna de O Windows "Definir Acesso do Programa e Padrões do Computador" faz tudo perfeitamente.