O que você está redirecionando? Meus documentos, dados do aplicativo? AFAIK, você não pode redirecionar pastas personalizadas via GPO, o que significa que não é possível redirecionar pastas que não estão na lista de pastas pré-criadas disponíveis para redirecionamento. O que quer dizer com "manter essas pastas"? Você quer dizer "eles serão redirecionados?"
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As respostas devem ser: yes & sim. O que eu recomendaria é configurar isso para um único usuário como um teste, movendo o usuário para uma subunidade organizacional da UO atual e vinculando um novo GPO que tenha suas configurações de redirecionamento a essa subunidade organizacional.