Experimente este hack:
wmctrl -lp | grep $(xprop -root | grep _NET_ACTIVE_WINDOW | head -1 | \
awk '{print }' | sed 's/,//' | sed 's/^0x/0x0/')
Por exemplo:
$ wmctrl -lp | grep $(xprop -root | grep _NET_ACTIVE_WINDOW | head -1 | \
> awk '{print }' | sed 's/,//' | sed 's/^0x/0x0/')
0x07600006 0 19051 maythuxPC Gnome Terminal
0x07600006 é o hex da janela ativa que é o terminal no meu caso.
Para ter certeza, vamos colocar em decimal:
$ xdotool getactivewindow
123731974
Agora converta de decimal para hex:
$ printf 0x%x 123731974
0x7600006
É o mesmo.