Eu não sou um especialista, mas acho que você pode fazer o pinagem com apt.
se você tiver um repo local em http://my.local.repo/
chamado myrepo
então seu /etc/apt/sources.list
em seus servidores será parecido com este
deb http://my.local.repo/ myrepo main contrib non-free
deb http://ftp.debian.org/debian/ stable main contrib non-free
, em seguida, no /etc/apt/preferences
será semelhante a este
Package: *
Pin: release a=myrepo
Pin-Priority: 700
Package: *
Pin: release a=stable
Pin-Priority: 600
então apt
irá favorecer os pacotes do seu repositório local
espero que isso faça sentido e / ou funcione