você pode fazer com o ntfsclone ( man ) para ntfs e ... well ... tar para ext3:)
Eu realmente posso aconselhá-lo usando ntfsclone para NTFS, eu estou usando excessivamente, é simples e eficiente, rápido e pequeno, portanto, bem scriptable.
você pode usar o tar para fazer back-up e clonar sistemas de arquivos ext2 / ext3, mas eu prefiro sugerir que você use o xfs, pois ele possui um software de backup semelhante ao corporativo, chamado xfsdump, que pode restaurar o sistema de arquivos XFS (com atributos de segurança pares também)
A maneira como estou fazendo backup do meu sistema (trechos de código de shell)
COMPRESS=pbzip2 -c
sudo xfsdump -p 30 -l 0 - /dev/sda1 | ${COMPRESS} | ccrypt -k /tmp/passfile -e > ${DEST}/${DATE}-root.xfsdump.bz2.ccrypt
dd if=/dev/sda of=${DEST}/${DATE}-mbr.dump bs=1 count=512
YMMV, mas depois de um tempo eu tenho certeza que você vai achar o xfsdump e o ntfsdump muito úteis. A melhor coisa que eles fornecem é que o conteúdo do sistema de arquivos e do sistema de arquivos é salvo em uma etapa, ambos são utilitários de linha de comando, portanto é mais fácil "script" deles do que a competição baseada em gui, e o xfsdump cria um formato de arquivo (encolhido) -mount para inspecionar o conteúdo.