Parece que a sua melhor aposta é usar o VBScript para fazer a configuração. Aqui está um pequeno exemplo:
A Microsoft também tem um guia disponível para administrar programaticamente o IIS 6:
Eu gerencio vários servidores da Web do IIS 6.0 para muitos sites diferentes, a maioria dos quais é configurada em uma configuração de balanceamento de carga, o que requer que o mesmo procedimento de administração do IIS seja duplicado em um número N de máquinas. Existe uma ferramenta de gerenciamento centralizado que eu possa usar para fazer isso? Quais são minhas opções?
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