O NetworkManager usa dhclient para concessões de DHCP, e seria melhor usar hooks de dhclient para alterar o /etc/resolv.conf
Você provavelmente está rodando o dhcp3-client no Ubuntu, eu acho que é o padrão com 8.10 e 9.04 pelo menos.
Se você estiver, seu arquivo de configuração está em /etc/dhcp3/dhclient.conf
Você pode especificar modificações por interface para /etc/resolv.conf
por exemplo,
interface "wlan0" {
supersede domain-name "int.domain.com domain.com";
}
Isso gerará um /etc/resolv.conf com:
domain int.domain.com
search int.domain.com domain.com
man 5 dhclient.conf para mais informações.