Você deve ser capaz de usar uma imagem do CD de instalação para acessar o console de reparo e, a partir daí, executar o chkdsk. Se não, você também pode tentar executar um disco de reparo do BartPE e executar o chkdsk a partir dele. O CD de instalação do Windows também deve permitir que você execute o fixmbr e o fixboot, se necessário, mas qualquer esforço de reparo pode acabar danificando-o completamente.
O CD de instalação leva você para a restauração a partir do backup, não permitindo que você vá ao console de reparo?