Joel, eu tenho a mesma configuração para a sua. Eu configurei o svn + ssh usando autenticação de chave e todo o material relacionado ao navegador mantém as senhas no arquivo do apache, que é o mesmo para / etc / passwd, trac, mail e outras coisas.
O que fiz foi uma interface web simples, onde o usuário pode alterar sua senha, que será atualizada sempre que precisar, além de algumas opções extras.
Existe outra opção - seu próprio script bash, que os usuários executarão da mesma maneira que o passwd. Na verdade, você pode alterar esse nome de script bash para que ele envolva o passwd. Para mim, isso deve ser uma solução ainda melhor, mas a maioria das pessoas na minha organização não está acostumada com a linha de comando, então o navegador é a melhor solução.