Eu diria que isso é um problema com os drivers.
No entanto, o IDE tem o mesmo limite de tamanho que o SCSI em Hyper-V . Normalmente, os discos IDE são muito mais fáceis de usar no Linux e resolvem problemas com visibilidade na maioria dos casos. No seu caso, isso é um problema, já que você usa a primeira versão do Hyper-V Server 2008.
Se puder, eu recomendaria mudar para Servidor Hyper-V 2008 R2 que permitirá que você tenha um disco grande na interface IDE e, assim, evite problemas de driver com Linux e SCSI.
P.S. Você pode simplesmente desconectar o VHD já existente e reconectá-lo como IDE, pois o formato não depende da interface.