Sim, experimentei isso também em uma máquina de implantação. Após o patch do SP3, o material do SSIS está completamente quebrado entre algumas outras coisas.
Estamos planejando reinstalar todo o servidor e migrar os bancos de dados para um servidor pré-instalado com o SP3.
Não sabemos o que aconteceu, mas espero que muitas pessoas tenham tido um problema semelhante.