Se você estiver disposto a eliminar totalmente todos os dados da máquina e começar do zero, baixe os dois utilitários a seguir:
Darik's Boot e Nuke - Este é um apagador de disco rígido. O que ele fará é passar todo o seu disco rígido com uns e zeros aleatoriamente, e fazer a unidade aparecer como se não tivesse dados, porque tecnicamente serão apenas números aleatórios e zeros. Isso ajudará a garantir que não existam partições desonestas ou algo assim por aí.
Live CD do GParted - Este é um gerenciador de partições. Depois de executar o DBAN no seu sistema, use este disco para criar as duas partições que você deseja para sua máquina. Você não precisa formatá-los usando o GParted se não quiser (o Windows funciona bem para isso), apenas use-o para criar as partições vazias. Depois, prossiga para instalar o Windows da maneira que desejar.
Tecnicamente, o Live CD do GParted não é necessário se você está apenas instalando o Windows, mas é uma ferramenta útil para ter sempre que você tiver problemas com partições. O único problema que tenho notado com isso é que ele não lida com partições NTFS particularmente bem quando o sistema host de onde ele veio não foi encerrado corretamente. Portanto, para referência, se você precisar trabalhar em uma partição NTFS com GParted, certifique-se de desligar o Windows corretamente.