Eu não criei uma instância de teste para reproduzir isso em minha própria caixa, mas parece que há três valores de registro armazenados na chave abaixo que se referem a SIDs de grupos criados pela instalação do SQL Server 2005:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\MSSQL.x\Setup
Os valores são AGTGROUP, FTSGROUP e SQLGROUP. Os grupos que tinham os SIDs usados para preencher esses valores eram (substituindo o nome do computador do servidor e o nome da instância do SQL):
SQLServer2005MSSQLUser$SERVER-NAME$INSTANCE-NAME
SQLServer2005MSFTEUsers$SERVER-NAME$INSTANCE-NAME
SQLServer2005SQLAgentUsers$SERVER-NAME$INSTANCE-NAME
Pelo que eu posso ver (novamente, sem refinar isso), você precisa criar esses grupos para esse servidor, depois obter os SIDs dos novos grupos e colocá-los no registro. Parece que um "reparo" da instalação do SQL Server faria isso. Dê uma olhada neste artigo do Microsoft Connect: link
Pesquise esse artigo para a frase "Um ou mais grupos de segurança SQL foram de alguma forma excluídos" e leia a solução alternativa lá. Parece que limpar os grupos antigos e executar a configuração no modo de reparo fará o que você deseja. Eu confio que é melhor do que tentar recriá-los manualmente, como algumas postagens de blog e postagens do fórum que eu encontrei sugerem.
Dito tudo isso, backup, no mínimo, essa parte do registro e seus bancos de dados antes de começar a mudar as coisas. Ter bons backups faz as coisas "simplesmente funcionarem" ... < smile >