Eu uso Puppet para toda configuração e gerenciamento de pacotes em servidores. Embora provavelmente não seja o método mais fácil para servidores homogêneos se eles não foram todos construídos a partir de uma única fonte.
Outras opções são (supondo que você esteja usando o SuSE relativamente novo) para fazer as atualizações para você, ou apenas criar scripts na ferramenta YoU se isso for possível. Pessoalmente, eu tento ficar longe de qualquer coisa do Yast se for possível (prefiro fazer coisas com arquivos e ferramentas que eu possa escrever).
Sem pregar muito, se você tiver um grande número de servidores, o gerenciamento de configuração é um grande problema. Você pode muito bem morder a bala agora e passar algum tempo olhando para ferramentas de gerenciamento de configuração automatizada (fantoche, cfengine, bcfg, etc.) que podem lidar com isso, bem como outras tarefas. Apenas meus 2 centavos.