Eu acho que a solução gira em torno desta questão simples, é a única tabela que o sistema Windows precisa acessar para parte de um sistema existente que outros aplicativos precisam acessar? Ou é uma tabela separada que é usada apenas pelo aplicativo do Windows?
Se é o último, um novo esquema com apenas essa tabela parece ser a resposta.
Se for o primeiro, as permissões são a chave. Crie um novo usuário ao qual o aplicativo do Windows se conectará e, em seguida, conceda somente acesso a essa tabela a esse usuário. Consulte: link