Como o que eles colocaram na outra resposta, não é um problema com o disco / sistema de arquivos - é que algo está mantendo esse arquivo (AV, WSUS, File Services). Assim, você pode encontrá-lo e pará-lo durante o processo de backup ou apenas excluir o arquivo do VSS.
Anteriormente, o problema era que a tag de exclusão não estava funcionando no VSS, mas isso deve ser corrigido até agora. Confirmo que o patch está atualizado e excluído do VSS.
Para responder à sua pergunta real - sim, não há problema em executar o chkdsk em uma invasão de software, embora não seja necessário neste cenário.