Na verdade, o Windows Server 2003 R2 não é suportado no Hyper-V 2016, mas isso não significa que não funcionará.
Você pode criar VM com a primeira geração (herdada) e instalar serviços integrados a partir do 2012R2 manualmente ( link ).
Lembre-se de que, como o Windows Server 2003 R2 não é suportado, pode haver alguns erros inesperados.
Eu acredito que é um bom momento para migrar o sistema operacional para o Windows Server 2008 R2, que ainda é suportado ( link ) ou para o Windows Server 2012 R2 e executar aplicativos legados no modo de compatibilidade.