Tenho certeza de que, no passado, apostei aplicativos que tinham implantações ativas em 2012 ou 2012 R2. Minha compreensão, então, era que as implantações existentes eram preservadas, mas nenhuma nova poderia ser criada. Isso é absolutamente uma mudança na funcionalidade (ou um bug).
Veja a documentação da era de 2012: link
When you retire an application, it is no longer available for deployment but the application and any deployments of the application are not deleted. Existing copies of this application that were installed on client computers will not be removed. Any revisions to the application will be deleted from Configuration Manager after 60 days. However, any installed copies of the application are not removed.