Coloque-o dentro de tags na sua configuração. Algo como o seguinte poderia fazer:
<Directory /path/to/document/root>
RewriteBase /
....
</DirectoryMatch>
<Directory /home/sitename>
RewriteBase /~sitename
....
</DirectoryMatch>
Para o caso ~ sitename você pode querer colocá-lo em um .htaccess é mais fácil defini-lo para diferentes usuários.
Se estes estiverem em vhosts diferentes, você também precisará especificar
RewriteEnging On
para ambos.