Você precisa do operador de descarte (~) para o rsyslog. Por exemplo, o seguinte é uma maneira de descartar essa mensagem:
:msg,contains,"Stopping System Logging" ~
Além disso, você precisa verificar qual ordem essas regras estão sendo avaliadas. Sugiro criar um arquivo separado como /etc/rsyslog.d/01-discard.conf
e, em seguida, colocar a instrução de descarte lá. Basicamente, você precisa ter certeza de que o descarte seja avaliado antes de todo o resto.