Depende do seu servidor, de quanto espaço em disco você tem, de quão rápido os seus discos estão nas diferentes unidades, etc. A maioria das pessoas prefere não ter alguns recursos na unidade com o sistema operacional e o arquivo de paginação. Naquela época, os bancos de dados SQL mal comportados substituiriam com sucesso o sistema operacional se ficassem muito grandes, como um colega descobriu no SQL Server 7. Desde então, tenho ficado nervoso com bancos de dados na unidade do sistema.
Enfim, acho que esta resposta do dba.stackexchange.com pode ser útil para você, mas eu não Não pense que o mundo acabará se você dividir ou não os recursos compartilhados e diretórios de instância em unidades diferentes. Depende muito do seu hardware, de como você está usando o SQL Server, etc.