Versão mais recente ou rsyslog (> 8.0 eu acho) adiciona uma opção de configuração para parar este comportamento de converter newlines em \ n caracteres. Mas como o rsyslog é baseado em texto, você não pode conseguir o que deseja até que você divida várias linhas em entradas de log individuais usando seu próprio formatador de log.
Eu recomendo considerar o uso do diário do sistema (journad), que lida com as novas linhas como seria de esperar. Mais do que isso, permite o registro estruturado. Dessa forma, você pode enviar seus rastreamentos de pilha e classes ou códigos de exceção para campos individuais para facilitar a filtragem.