Sinto muito em dizer isso - mas essas manchas são um sinal claro de que o seu HD3650 está começando a falhar. Especialmente se eles se tornarem mais frequentes quanto mais você usar o computador.
Eu tive esse mesmo problema no mesmo cartão em um laptop meu.
Independentemente disso, se você quiser excluir um problema de driver, basta baixar uma imagem de um Ubuntu posterior (14.10) ou anterior (eu recomendaria 12.04 baseado no cartão), escreva para um dispositivo USB , inicialize-o, use-o por um tempo e verifique se o problema continua.
Infelizmente, o assunto é muito familiar para mim. Os "borrões" começaram como falhas realmente pequenas, em imagens 3D ou compostas, e depois cresceram para o que você vê agora. Em um estágio posterior, a maior parte da tela começou a ficar "truncada".
A potencial novidade é que a substituição da placa no meu laptop por uma do ebay resolveu o problema para mim. Embora não seja uma tarefa para um iniciante.
Aqui é o guia que eu segui para o meu próprio laptop.
É claro que isso varia de acordo com o laptop e, em alguns casos, pode até não ser possível trocar cartões.
Espero que este não seja o problema com o seu próprio cartão, mas, se for, espero ter fornecido algumas opções.
Atualização:
Depois de observar com mais cuidado a imagem, isso não se parece com o erro típico da placa com falha (embora eu não descartasse completamente a possibilidade).
Isso também pode ser um problema com o hyperz .
Você pode tentar desativá-lo editando /etc/profile e adicionando esta linha ao final:
%código%
Depois de adicionar essa linha, basta reiniciar sua máquina e ver se ela ajudou.