É um bug do Navicat 11 com o Ubuntu 16.04. Tente usar outra versão do Navicat, mesmo o Navicat 9 deve funcionar bem.
Estou tentando conectar meu banco de dados na minha instância ec2 em execução no Ubuntu 16.04 com a Navicat. Mas continua vindo com o SSH: pacote de troca de chaves esperado do servidor Eu tenho outra instância rodando no Ubuntu 14.04, lá eu tenho uma conexão ativa com a mesma chave pública. Eu tentei com o MySQL Workbench e isso também está funcionando bem com ambas as instâncias. Então, parece que o navicat não está funcionando apenas na instância 16.04. Qual pode ser o problema aqui?
É um bug do Navicat 11 com o Ubuntu 16.04. Tente usar outra versão do Navicat, mesmo o Navicat 9 deve funcionar bem.