Para problemas de desempenho, você pode consultar os diferentes recursos (Armazenamento, Processamento, Rede, etc.) para determinar se um está causando a lentidão. Ferramentas para isso incluem htop, no topo (como sugerido por Ryan Babchishin nos comentários), e ntop, entre outros.
Outra coisa a verificar é a compatibilidade e funcionalidade dos drivers / hardware - como hardware não suportado ou com defeito pode causar uma variedade de problemas (e pode acontecer mesmo em um novo hardware). Um exemplo seria usar o memtest86 para verificar sua RAM ou verificar o status SMART de seus discos rígidos.
Com base na sua captura de tela e comentário, parece que sua unidade raiz está em uma matriz que está sendo sincronizada novamente. Isso levará a um sistema lento, já que coisas como escrever logs e ler arquivos (por exemplo, / etc / passwd) estão competindo por E / S com a reconstrução.
Eu pessoalmente descobri que isso ocorre em uma máquina que eu executo, e uma vez que a reconstrução / re-sincronização completa o desempenho retorna ao normal. Por favor, atualize sua pergunta se isso não acontecer.