O MongoDB adicionará novos arquivos quando os antigos forem preenchidos. Se você definir uma cota como mencionou, quando estiver sem espaço em vez de alocar um novo arquivo, receberá um erro. Essas são basicamente suas duas escolhas.
Você pode usar pequenos incrementos de espaço (mas muito mais arquivos) configurando smallFiles , em cujo caso cada arquivo adicional no máximo será de 512MB, mas você precisará permitir ~ 4x mais arquivos em sua cota. Em algum momento, se você continuar adicionando dados com um limite rígido (a menos que você saiba que você não excederá o limite), você terá o mesmo erro.
Ler nas entrelinhas o que você quer é uma melhor reutilização de espaço pelo mecanismo de armazenamento, que é um tópico que foi discutido muitas vezes (veja minha resposta no tópico aqui ). Você pode encontrar melhor uso com o mecanismo de armazenamento WiredTiger, juntamente com o uso de compressão (veja meus testes em que aqui ), mas o uso do espaço em disco irá variar dependendo de seus padrões de uso, e você vai querer ter alguma sobrecarga em termos de espaço, mesmo assim.