Sim.
Contanto que o contêiner seja não removido, qualquer configuração especificada para o comando docker run
ao criar o contêiner será mantida no Docker. Portanto, se o contêiner for reiniciado, ele manterá a mesma configuração.
No entanto, eu recomendaria o uso da ferramenta docker-compose para declarar seus contêineres e gerenciar suas configurações.