Isso pode não ser o melhor caminho, mas é um lugar para começar de qualquer maneira. Usando os scripts do PowerShell, faça um arquivo marcado como sistema (oculto mesmo quando os arquivos ocultos estiverem ativados) e certifique-se de que apenas o usuário (ou o usuário em que os scripts do PowerShell são executados) possa acessá-lo para leitura ou gravação. Toda vez que você identificar uma nova pasta, adicione esse arquivo a ela e use-a para identificar a pasta (para que você possa denominá-la "folderid" e ter o conteúdo como uma GUID gerada e associada à pasta)
Agora, o único problema é que, se um usuário quiser excluir uma pasta, as permissões de gravação nesse arquivo poderão pará-lo. Você pode deixá-lo aberto para os usuários excluírem apenas, mas isso significa algumas permissões bem loucas.
De qualquer forma, é um lugar para começar. :)