Você deve se certificar de que não está usando o mod_security ou qualquer módulo que possa tocar nos cabeçalhos de resposta (não incluindo mod_headers que não podem tocar nesse cabeçalho).
Verifique também se o caminho da instalação está correto e se você não está misturando instalações de versões diferentes.
Estou usando o 2.4.20 com o ServerTokens Prod em dezenas de servidores e não obtenho um segfault.