Em vez de especificar o parâmetro --geometry , tente especificá-lo com o parâmetro -g . Se ainda não funcionar, eu consideraria isso um bug.
Uma alternativa ao uso do parâmetro --geometry nativo do nautilus seria usar wmctrl , que pode ser usado para controlar qualquer outro tipo de janela gráfica. Este aplicativo não vem por padrão, então você tem que baixá-lo com sudo apt-get install wmctrl .
O comando para posicionar e dimensionar a janela seria wmctrl -r WINDOW_TITLE -e 0,XOFFSET,YOFFSET,WIDTH,HEIGHT . Eu usei esse método em outra pergunta, para posicionar duas janelas de terminal com tamanho e localização específicos (consulte aqui )
Outra maneira, um pouco melhor, é descobrir o id da janela (um número hexadecimal) com xprop ou wmctrl , e usar isso com -i -r parâmetros. O título da janela do Nautilus muda conforme a pasta do arquivo muda, então isso seria um pouco mais confiável.
Deixe-me saber se você gostaria que eu elaborasse mais sobre isso.