Essa é uma preocupação válida, no entanto, o lado do cliente também é um problema. Os clientes também armazenam em cache as informações do repositório. Isso significa que você ainda pode ter problemas quando um cliente tenta atualizar quando o repositório foi alterado, mas o cliente ainda não atualizou as informações do cache local. Então, você acaba executando yum clean all para forçá-los a atualizar o cache local.
Então, realmente, preocupar-se com a consistência no repo é bom, mas você também tem que lidar com isso no lado do cliente. Então, eu atualizaria o repositório e limparia o cache dos clientes.
Além disso, com que frequência você está atualizando pacotes nos clientes? Você pode agendar reposyncs depois de horas ou às vezes que as atualizações do cliente não acontecerão.