Nota: Testado em 14.04 e 16.04
Isso é normal. Você não pode desmontar um sistema de arquivos que está em uso. Além disso, o benchmark gnome-disks é destrutivo e até avisa para fazer backup antes de usá-lo, conforme mostrado abaixo:
Devido a isso, você só deseja gravar discos de referência que não tenham dados importantes sobre eles, pois eles serão substituídos. Eu sempre inicializo de mídia ao vivo para discos de benchmark com gnome-disks
Para um método de benchmarking mais seguro, veja minha resposta usando fio para uma pergunta semelhante aqui