No caso de alguém se deparar com esta questão, a resposta está aqui: link
Basicamente, existem atualizações que parecem afetar configurações de domínio misto. No nosso caso, temos os CDs de 2003, então tivemos que remover as atualizações aplicáveis para corrigir o problema.
não vou listá-los, pois a página de spiceworks é constantemente atualizada com atualizações superdimensionadas, então esse é o melhor lugar para verificar.