Não há uma maneira fácil de fazer isso.
Em teoria, você pode instalar em uma VM localmente (para ESXi, Virtualbox, etc.) e então convertê-la em uma AM2 do EC2, mas isso é um processo bastante complicado e acabará sendo muito mais trabalho do que apenas classificar como instalar a partir do repositório FreePBX.
Por que você não quer apenas usar uma das AMIs do FreePBX que já estão disponíveis para o EC2?