Então, seus usuários já têm contas no Novell e no AD? Se assim for, não me preocuparia em usar uma ferramenta de migração.
Em vez disso, crie um arquivo CSV que mapeie seus usuários da Novell para seus usuários do AD. Armazenar o nome de usuário da Novell em um atributo na conta de usuário do AD correspondente também é uma boa ideia. Se você criar o arquivo CSV primeiro, poderá usar o PowerShell para definir facilmente o atributo do AD.
Quando você começa a mover os arquivos, eu usaria algo como o RoboCopy para fazer a cópia real. Em seguida, use os utilitários da Novell para despejar as permissões explícitas de arquivos e pastas em um arquivo de texto. Usando o arquivo CSV com o mapa de nome de usuário, você pode usar o PowerShell para converter as permissões da Novell para as permissões equivalentes do Windows. E, finalmente, use o PowerShell para aplicar essas permissões.